A invasão da Baía dos Porcos envergonhou os Estados Unidos, criou uma divisão entre o presidente Kennedy e seus serviços de inteligência e fortaleceu a relação entre a União Soviética e Cuba. Na sequência, os Estados Unidos mudaram para métodos mais secretos de tentar depor Fidel Castro, enquanto os soviéticos começaram a enviar suprimentos e armas a Cuba para evitar outra invasão. Isso levou à crise dos mísseis cubanos em 1962.
Em termos de vítimas, a invasão da Baía dos Porcos foi essencialmente um empate. As forças cubanas sofreram 176 mortos, pelo menos 500 feridos e cerca de 4.000 desaparecidos. A CIA e as forças de expatriados sofreram 118 mortos, 360 feridos e 1.202 capturados. Vários dos prisioneiros que Cuba fez foram executados posteriormente. No final, Cuba trocou 1.113 prisioneiros por aproximadamente US $ 53 milhões em ajuda econômica. Castro também deixou cerca de 1.000 parentes de expatriados deixar Cuba para se juntar a seus familiares nos Estados Unidos.
O aumento das forças de mísseis em Cuba depois que a Baía dos Porcos desencadeou um impasse entre os Estados Unidos e os soviéticos em outubro de 1962. Os Estados Unidos descobriram mísseis nucleares balísticos de alcance intermediário na ilha-nação e exigiram sua remoção. Após acalorada retórica diplomática de ambos os lados e um bloqueio naval a Cuba, os soviéticos concordaram em remover os mísseis em troca do desmantelamento de mísseis americanos na Turquia e a promessa de nunca mais tentar invadir Cuba.
