A especificação do sistema de arquivos NTFS permite criptografia completa de dados, o que oferece aos usuários proteção robusta contra acesso não autorizado a dados; apenas aqueles que têm uma senha podem descriptografar os dados. Em plataformas Windows, o FAT32 oferece suporte apenas ao gerenciamento de permissão rudimentar em pastas compartilhadas, enquanto o NTFS oferece gerenciamento de permissão sofisticado.
Embora arquivos individuais possam ser criptografados em qualquer sistema de arquivos, o NTFS oferece suporte à criptografia em todo o sistema. Isso dá aos usuários uma maneira de garantir que documentos importantes sejam protegidos, portanto, lapsos no protocolo de criptografia ou vulnerabilidades no software de criptografia não podem resultar em vulnerabilidades.
O suporte para modelos de permissão com FAT32 varia de acordo com o sistema operacional de destino, mas os sistemas operacionais Windows geralmente permitem apenas o gerenciamento de permissão no nível da rede para pastas compartilhadas. Em sistemas multiusuário, os usuários que procuram proteger suas informações de outros usuários precisam criptografar seus dados.
Além de fornecer melhor segurança contra acesso não autorizado, o NTFS também oferece melhor segurança de integridade de arquivo do que o FAT32. NTFS armazena um log de transações de dados; as entradas são armazenadas antes que as informações sejam movidas, apagadas ou copiadas. Se o computador ficar sem energia durante essa transação, o log pode ajudar a restaurar as informações perdidas e concluir a tarefa. As partições FAT32, por outro lado, são vulneráveis à corrupção de dados. Essa corrupção geralmente pode ser corrigida, mas dados ainda podem ser perdidos.
