Os ecologistas fazem modelos de habitats e ecossistemas para estudar questões que seriam impossíveis, impraticáveis ou antiéticas de responder testando ecossistemas reais. Em vez disso, os ecologistas elaboram programas matemáticos complicados que deveriam reagir de forma semelhante ao real. ecossistemas diante de estímulos semelhantes. De acordo com um artigo da BioScience, os modelos costumam produzir resultados surpreendentes e inesperados.
Por exemplo, um ecologista pode criar um modelo que tenta determinar como a energia flui através de um ecossistema de pequeno lago. Conseqüentemente, o cientista teria que projetar o modelo para levar em conta todas as várias maneiras pelas quais a energia entra no ecossistema, como o sol, criaturas viajando para a água e matéria vegetal afundando no lago. Além disso, o ecologista teria que garantir que o modelo levasse em consideração todas as maneiras pelas quais a energia deixa o ecossistema, como quando os animais deixam o lago.
Os modelos não são recriações perfeitas do mundo natural e, às vezes, produzem resultados que mais tarde são demonstrados como falsos. Isso faz com que muitos ecologistas ajustem seus modelos periodicamente em busca de um modelo que reflita com precisão o mundo real. Como os modelos são usados amplamente em ecologia, o National Career Services do Reino Unido recomenda que os futuros ecologistas tenham um conhecimento prático de computadores.