O presidente Lincoln suspendeu o recurso de habeas corpus em um esforço para proteger a segurança pública e reduzir o potencial de rebelião. Muitas pessoas em Maryland eram simpáticas ao exército confederado. Maryland era estrategicamente importante porque todo o abastecimento terrestre e linhas de comunicação passavam por Baltimore.
O presidente Abraham Lincoln emitiu sua ordem ao General Winfield Scott em 27 de abril de 1861 como um meio de proteger as vulneráveis linhas ferroviárias. A lealdade de Maryland ao governo federal era incerta, e o presidente ordenou a prisão de vários membros da legislatura de Maryland que tinham simpatias dos confederados.
John Merryman, de Cockeysville, Maryland, foi preso por recrutar e treinar soldados confederados. O advogado de John Merryman entrou com uma petição no tribunal federal por um recurso de habeas corpus, e o pedido foi concedido pelo presidente de justiça Roger Brooke Taney. Sua ordem de comparecer ao tribunal foi ignorada pelos militares que mantinham John Merryman prisioneiro. O presidente do tribunal Taney considerou a suspensão inconstitucional quando emitiu seu parecer, afirmando que apenas o Congresso tinha autoridade para suspender o recurso de habeas corpus. A proclamação do presidente Lincoln em 24 de setembro de 1862 expandiu sua ordem anterior de suspensão para incluir todos os estados do país e permitiu a prisão de qualquer pessoa que criticasse o esforço de guerra da União, incluindo editores de jornais. Além de proteger áreas estrategicamente sensíveis, a suspensão do mandado também permitiu ao governo julgar pessoas em um tribunal militar.
