Alguns esquilos de árvore constroem ninhos em porções ocas das árvores, enquanto outros constroem ninhos de folhas em galhos de árvores. Covas construídas em árvores ocas oferecem melhor proteção contra os elementos.
Os ninhos de folhas são construídos com base em ramos entrelaçados e cobertos com folhas e musgo. Esses ninhos estão normalmente localizados onde os galhos encontram o tronco de uma árvore ou onde uma intersecção de galhos fornece melhor equilíbrio e suporte para o ninho, de acordo com a West Virginia Wildlife Magazine.
Os ninhos construídos em troncos de árvores escavados são usados como ninhos de berçário para esquilos que dão à luz bebês e também são usados para melhor proteção durante os meses frios de inverno. Em áreas urbanas, os esquilos podem pular a construção de ninhos nas árvores e se dirigir ao calor dos edifícios, o que pode causar danos significativos em sótãos e sistemas de fiação elétrica.