À noite, os esquilos concluem suas atividades retirando-se para os ninhos, que são construídos principalmente em árvores. Como os pássaros, a maioria dos esquilos constrói ninhos para servir de lar, que usam para criar os filhotes e descansar. Muitos constroem suas moradias em galhos de árvores, embora alguns se abriguem em cavidades de árvores localizadas no alto de troncos de árvores.
Alguns esquilos, como corujas e pássaros maiores, se abrigam em cavidades de árvores ou tocas quando a noite cai. Diversas espécies, como os esquilos cinza, raposa e vermelhos, têm maior probabilidade de descansar dessa maneira. Esses esquilos podem tornar suas moradias confortáveis adicionando material de cama macio, como folhas e musgo. Os esquilos podem construir ninhos temporários nos galhos das árvores durante os meses mais quentes na primavera e no verão e covas de reserva para a hibernação no inverno. Ninhos sazonais de curto prazo, chamados drays, permitem que os esquilos durmam e criem seus filhotes. Esses dormitórios, como tocas, geralmente são fortificados com folhas e galhos e estão localizados em direção à parte do tronco de árvores maiores. Enquanto quase todos os esquilos hibernam durante o inverno, apenas aqueles que vivem em locais quentes estivam, ou hibernam, durante o verão. Em vez de fazer ninhos em árvores, no entanto, os esquilos cavam tocas sob a superfície da Terra para escapar dos raios escaldantes do verão.
