Os protozoários vivem em mares, rios, lagos, lagoas, materiais em decomposição e solo. A água é um requisito para o seu habitat e podem existir em diversas regiões onde esta esteja presente.
Os protozoários que vivem em água salgada não requerem vacúolos, que são estruturas no citoplasma que funcionam na secreção intracelular. A concentração de sal dentro da célula é semelhante à concentração da água do mar e não há necessidade de contrair e esvaziar os fluidos. Os protozoários que possuem essas estruturas e vivem em condições menos salgadas, esvaziam a água por um poro na membrana e o excesso de fluido entra na célula.
