A Chlamydia trachomatis foi descoberta pela primeira vez nos olhos de orangotangos na ilha de Java. Durante as expedições para pesquisar a sífilis, os cientistas Ludwig Halberstaedter e Stanislaus von Prowazek infectaram orangotangos com raspagens conjuntivais de pacientes com tracoma e descobriram o organismos que eles chamaram de Chlamydozoa.
Os dois cientistas publicaram a primeira etiologia da Chlamydia trachomatis em 1907. De acordo com a Chlamydiae.com, foi só em 1958 que outros cientistas descobriram que o organismo é uma bactéria e não um vírus.
De acordo com a Review of Ophthalmology, a clamídia é a doença bacteriana sexualmente transmissível mais comum no mundo. A bactéria pode infectar várias espécies animais além dos humanos e causar dois tipos de infecções oculares por clamídia em humanos.