Os motivos mais comuns para o peixe dourado ficar preto são a genética e a ingestão de alimentos coloridos. Ambientes escuros também fazem com que o peixe dourado produza melanina adicional, o que resulta em uma alteração no pigmento. A doença é incomum, mas, em certos casos, os peixes dourados doentes ficam pretos.
A mudança natural da cor do peixe dourado não é motivo de preocupação. Os peixinhos dourados de baixo custo comumente encontrados em lojas de animais tendem a mudar de cor, pois seus genes de cores costumam ser misturados e sua genealogia é incerta. Um erro comum que os proprietários de peixinhos dourados cometem é presumir imediatamente que um peixinho dourado está doente e tratá-lo com antibióticos. Embora a doença seja uma causa possível, existem várias outras razões completamente naturais para a mudança de cor, e os antibióticos podem fazer mais mal do que bem.
A amônia é criada pela decomposição de comida no tanque de peixes, bem como resíduos de peixes dourados. Inicialmente, faz com que a pele do peixe dourado queime, mas as queimaduras não são visíveis. Quando o nível de amônia cai após o tanque de peixes ser limpo e higienizado, a pele do peixinho começa a cicatrizar e as manchas curadas ficam pretas.
A doença da mancha preta é causada por um parasita encontrado em caracóis. Quando os caracóis estão presentes no tanque de peixes, eles podem transmitir a doença para os peixes. Os sintomas da doença das manchas pretas incluem formações de cistos pretos e manchas escuras na pele do peixe dourado.