As cerejeiras em flor são suscetíveis a uma série de doenças fúngicas, incluindo podridão parda (também chamada de praga das flores), nó preto e morte de Eutypa. Depois que uma árvore é infectada por um fungo, não há cura. Os galhos danificados devem ser removidos e descartados com cuidado, longe do jardim. Essas doenças fúngicas comuns podem danificar gravemente ou matar uma cerejeira em flor.
A podridão parda infecta as flores da cerejeira assim que começam a murchar na primavera. Ele aparece primeiro como minúsculos pontos pretos nas flores e se espalha para os galhos, descendo dos galhos até o tronco. Membros infectados com podridão marrom devem ser podados a pelo menos 20 centímetros da infecção. O nó preto também se espalha na primavera. Ela hiberna dentro dos nós nas árvores até que o calor e a umidade da primavera liberem e dispersem os esporos. Ele aparece pela primeira vez nas árvores como nós de cortiça que lentamente ficam verdes, depois pretos. A infecção do nó preto interfere no sistema circulatório da árvore, fazendo com que os membros murchem e morram. Quaisquer galhos com nós devem ser podados, pelo menos 7 centímetros abaixo do nó, durante o inverno e início da primavera.
O fungo Eutypa lata causa a morte da cerejeira no final da primavera e no verão. Ele entra na árvore em gotas de água através de locais de poda, fazendo com que os galhos murchem e morram repentinamente. Membros murchas devem ser podados a pelo menos trinta centímetros da infecção. Em todas as infecções fúngicas, o equipamento de poda deve ser desinfetado entre cada corte e entre as árvores para evitar que se espalhe. Os fungicidas podem ajudar a prevenir infecções se usados no início da primavera.
