De acordo com o Wallops Flight Facility da NASA, uma boa rotina de exercícios do Nautilus é aquela que aumenta a carga de trabalho progressivamente a cada sessão de treinamento e alterna exercícios de alta intensidade com períodos de descanso. Os exercícios devem começar com os maiores grupos de músculos e prossiga para os menores, começando com quadris, pernas e tronco, seguido de trabalhar os braços, cintura, parte inferior das costas e pescoço.
O Wallops Flight Facility da NASA recomenda a realização de uma série de quatro a seis exercícios para a parte inferior do corpo, seguida por uma série de seis a oito exercícios para a parte superior. Cada exercício deve ser realizado em um nível de resistência que permite de oito a 12 repetições de cada exercício. As repetições devem ser realizadas lentamente, suavemente, com boa forma e com força constante. Uma vez que 12 repetições tenham sido alcançadas em um determinado exercício, uma resistência adicional de 5% deve ser adicionada para o próximo exercício. O treinamento deve ser limitado a três vezes por semana, com registros mantidos listando a data, o número de repetições e o nível de resistência de cada treino.
O DailyBurn Tracker sugere o uso de várias máquinas Nautilus em uma boa rotina de exercícios do Nautilus, incluindo leg press, extensões de pernas e flexões de perna para a parte inferior do corpo. O site também recomenda o supino torácico, supino reto, latissimus dorsi) pulldowns, rosca pregadora e extensões de tríceps para a parte superior do corpo e fileiras de cabos sentados e flexões para os músculos centrais.
