O pastor John Hagee se divorciou de sua primeira esposa, Martha, em 1975. Os dois estavam casados há 15 anos e tinham dois filhos: um filho chamado Christopher e uma filha chamada Tish.
O pastor da Igreja Cornerstone então se casou com sua segunda esposa, Diana, cerca de um ano depois. Ele tem três filhos com a esposa Diana - Matthew, Christina e Sandy - bem como oito netos, em 2014. Matthew se tornou um pastor executivo na igreja de seu pai.
Além de ser pastor de uma grande igreja não denominacional, Hagee também escreveu vários livros e costuma viajar com sua família como parte de um grupo de cantores.