Um microscópio eletrônico tem uma resolução mais alta do que um microscópio de luz, o que resulta em detalhes muito mais precisos da amostra sendo visualizada. Embora um microscópio eletrônico possa ampliar uma amostra em até 2 milhões de vezes, uma luz microscópio é vantajoso ao visualizar células vivas.
A microscopia eletrônica usa um feixe de elétrons em vez de luz para obter a ampliação. Para fazer isso, os elétrons passam por um pedaço fino da amostra. Os comprimentos de onda de um feixe de elétrons são muito menores que os da luz, permitindo uma melhor resolução. Por causa de sua capacidade de atingir esses níveis agudos de resolução, é possível ver a forma de um espécime. Embora o detalhe finito seja benéfico em muitas circunstâncias, a amostra vista em um microscópio eletrônico deve ser fixada durante a preparação para que a estrutura não seja perturbada, o que significa que a amostra não estará viva e só poderá observar suas características visuais.
A microscopia de luz funciona com base na difração. Para obter a ampliação, a luz atravessa ou reflete em um espécime antes de ser transmitida através das lentes ópticas. Em certas condições, as células vivas e suas funções biológicas, como ingestão de alimentos e divisão celular, podem ser visualizadas. Os visualizadores também podem rastrear proteínas e observar o movimento celular.