Chert é mais frequentemente criado quando microcristais de dióxido de silício são formados dentro de sedimentos moles que com o tempo se transformam em giz ou calcário. Quando grandes quantidades de microcristais de dióxido de silício estão presentes no sedimento, eles começam para se aglomerar e, eventualmente, formar camadas inteiras de sílex dentro de um depósito de calcário.
Chert é uma rocha sedimentar composta por dióxido de silício. Geralmente é encontrado como grandes camadas dobradas em giz ou calcário. Por causa da estrutura do chert, quando se quebra, muitas vezes se quebra em pedaços com arestas extremamente afiadas. Os primeiros humanos notaram essa qualidade e usaram esse tipo de rocha para criar ferramentas de corte e armas. Chert também é conhecido como "pederneira".
Quando os microcristais começam a se aglomerar em depósitos de sedimentos específicos, eles acabam por levar à formação de sílex. Esses depósitos estão sob uma tonelada de pressão e, com o tempo, se comprimem em calcário ou giz. Cristais de dióxido de silício se formam dentro do sedimento e são transportados pelas águas subterrâneas. Os cristais começam a se compactar e criar uma camada dentro do sedimento, que eventualmente se transforma em uma camada de sílex misturada às várias camadas de giz ou calcário. Quando o dióxido de silicone não forma camadas, o sílex é formado, em vez disso, como nódulos de formato irregular dentro do calcário ou giz.