Embora o calcário em si não afete o meio ambiente, a mineração de calcário pode ter um impacto negativo. Por outro lado, o ambiente pode afetar o calcário quebrando-o.
A mineração de calcário pode poluir a água e criar buracos. Quando o calcário se dissolve enquanto ainda está no solo, formam-se cavernas e ravinas, um fenômeno natural conhecido como carste. Embora isso não prejudique o meio ambiente em sua forma natural, uma vez que o calcário é extraído, poços podem se formar e interromper os cursos d'água subterrâneos. Isso muda o lençol freático natural. O processo de mineração atual também altera os cursos d'água existentes, adicionando água adicional aos córregos e outros corpos d'água que não apenas inunda a área circundante, mas também adiciona poluentes a ela. Ao mesmo tempo, ele tira água de outros recursos, como lagos e lagoas.
O calcário pode ser danificado pelo meio ambiente devido ao clima e à erosão hídrica. A pedra absorve água que pode causar sua deterioração com o tempo. Se a água tiver alto teor de acidez, o dano é mais imediato. O vento pode desgastar os detalhes de pedra. O calcário também está sujeito à descoloração pela exposição a óleo, corantes ou mesmo material orgânico, como fezes de pássaros ou matéria vegetal em decomposição. Pode até formar manchas de ferrugem se exposto ao ferro oxidante.
