De acordo com o site do time, o time de futebol San Francisco 49ers deve o seu nome às pessoas que participaram da corrida do ouro na Califórnia. Essas pessoas ficaram conhecidas como 49ers, já que a corrida do ouro ocorreu a partir de 1849 . A sugestão para o nome partiu do fundador da equipe, Tony Morabito. O logotipo original do 49ers refletia o nome da equipe, pois era uma foto de um mineiro disparando duas pistolas.
O time de San Frisco 49ers foi formado em 1946. Antes disso, Morabito abordou a National Football League em 1942 com a possibilidade de formar um time da Costa Oeste, mas a ideia foi rapidamente rejeitada. Quando uma nova liga foi formada em 1944, a All-American Football Conference, Morabito começou a estabelecer uma franquia em San Francisco.
Lawrence Shaw foi escolhido para ser o primeiro treinador principal da equipe. Um total de 32 jogadores foram escolhidos para a primeira temporada do time, incluindo Frankie Albert, Bruno Banducci e Joe Ventrano. O 49ers venceu seu primeiro jogo contra o Chicago Rockets. Apesar do sucesso inicial, os 49ers terminaram sua primeira temporada com apenas três vitórias.
Morabito manteve a propriedade da equipe até sua morte em 1957. Seu irmão mais novo, Victor, continuou sendo a propriedade da família pela equipe, mas a equipe acabou sendo vendida para Edward DeBartolo Jr. em 1977.
