A vida no Mayflower era desagradável e difícil, pois a viagem de 66 dias foi cheia de fortes tempestades do Atlântico e conflitos entre passageiros. Muitos dos peregrinos protestantes irritaram a tripulação e outros passageiros ao tentar forçar sua religião aos outros, o que levou a conflitos a bordo do navio. Enjôo, escorbuto e outras doenças do mar eram comuns.
O mar agitado do Atlântico na segunda metade da viagem do Mayflower teve um impacto especial na tripulação e nos passageiros. Como aqueles que se aventuravam no convés corriam o risco de serem jogados ao mar devido ao mau tempo, a maioria dos passageiros permaneceu abaixo do convés durante a maior parte da viagem. As famílias montam divisórias de privacidade nos quartos apertados, mas os tetos baixos e as condições escuras e úmidas tornam a situação de moradia muito desconfortável.
Os peregrinos protestantes eram uma minoria no Mayflower, totalizando apenas 41 dos 102 passageiros. No início da viagem, os peregrinos tentaram impor suas crenças religiosas aos companheiros, que viam com desconfiança por sua resistência. Eventualmente, os dois grupos perceberam que a cooperação era a única maneira de sobreviver à viagem e prosperar no novo mundo, e assinaram o Pacto Mayflower para formar uma organização civil. O acordo se tornou um dos precursores do regime democrático moderno e serviu de modelo para o governo posterior nas Américas.