A American Society for Microbiology ainda não encontrou uma arqueobactéria que cause doenças ou seja prejudicial ao corpo humano. Embora esses microorganismos tenham muitas características de outras bactérias causadoras de doenças, o conhecimento deles é limitado.
Os metanógenos são uma linhagem de arqueiros encontrados no corpo humano. Há dúvidas se eles são prejudiciais ou benéficos. A dificuldade em isolar e cultivar essas bactérias é parte do motivo pelo qual tão pouco pode ser provado sobre elas. Sabe-se que eles só sobreviverão e crescerão em ambiente anaeróbio. Eles estão entre as formas de vida mais abundantes do planeta.
