Anna Stanley pediu o divórcio de Charles Stanley em 1993, de acordo com relatórios da CNN. O divórcio foi definitivo em 2000. O divórcio pôs fim a um casamento de 44 anos.
O divórcio de Charles Stanley de sua esposa foi controverso porque, como evangelista e fundador da In Touch Ministries, ele pregou contra o divórcio e defendeu uma visão rígida do casamento. Sua igreja, a Primeira Batista, manteve uma política contra permitir que homens divorciados servissem como pastores ou diáconos. De acordo com a Baptist Press, quando o divórcio de Stanley se tornou definitivo, a Primeira Igreja Batista decidiu permitir que ele continuasse como pastor. Em fevereiro de 2015, Charles Stanley continua pastor da Primeira Igreja Batista.