Os bolores pertencem ao reino conhecido como fungos. Este reino faz parte do sistema de classificação de cinco reinos introduzido por R.H. Whittaker em 1959, que deu aos fungos o mesmo status de plantas e animais. Os bolores, assim como outros fungos, são organismos eucarióticos considerados distintos de plantas e animais.
Além de pertencer ao reino dos fungos, os bolores podem ser colocados em vários filos de fungos, que incluem Zygomycota, Ascomycota, Oomycota, Basidiomycota e Chytridiomycota. Zygomycota contém um fungo encontrado no pão conhecido como Rhizopus stolonifera. Os bolores pretos são encontrados no filo Ascomycota. Oomyota contém bolores saprofíticos de água e bolores azul do tabaco.
