De acordo com o WebMD, a penicilina não é comumente prescrita para curar a vaginose bacteriana. Antibióticos como clindamicina, metronidazol e tinidazol destroem as bactérias que causam a vaginose bacteriana.
Certos antibióticos usados para tratar a vaginose bacteriana podem ser tomados por via oral ou inseridos na vagina como creme, gel ou supositório. Os medicamentos vaginais são vantajosos porque causam menos efeitos colaterais sistêmicos do que os medicamentos orais, de acordo com o WebMD. Mulheres grávidas, especificamente aquelas com alto risco de parto prematuro, são aconselhadas a evitar o tratamento vaginal. A vaginose bacteriana freqüentemente volta após o tratamento, então, às vezes, os médicos prescrevem medicamentos por um período mais longo para prevenir a recorrência.