Os historiadores não têm certeza de quem foram os pais de Juan Ponce de Leon, mas acreditam que ele era parente de Rodrigo Ponce de Leon, o Marquês de Cádiz. Até mesmo seu ano de nascimento exato é contestado porque ele foi originalmente pensado para ter nascido em 1460, enquanto outras evidências sugerem que ele nasceu em 1474.
Acredita-se que Ponce de Leon também seja parente da família Nunez de Guzman. Durante os primeiros anos, trabalhou como escudeiro de Pedro Nunez de Guzman, que era o Cavaleiro Comandante da Ordem de Calatrava. De acordo com o historiador espanhol Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon tornou-se um soldado experiente durante os primeiros anos, quando ajudou a derrotar os mouros em Granada.
