As armas usadas durante o ataque a Pearl Harbor incluíram bombas, torpedos, metralhadoras e armas antiaéreas. As bombas e torpedos japoneses foram lançados por várias aeronaves, incluindo bombardeiros B5N2 e bombardeiros de mergulho Aichi D3A1. Os japoneses também usaram o A6M Model 21 Zeros para bombardear bases aéreas ao redor de Pearl Harbor.
Cada um dos bombardeiros B5N2 maiores carregava um único torpedo Tipo 91 Modelo 2. Esses torpedos eram equipados com aletas de madeira em volta das hélices, o que os ajudava a operar nas águas rasas do porto. Cada torpedo pesava cerca de 1.847 libras e tinha uma ogiva de 452 libras. O bombardeiro B5N2 também tinha uma metralhadora calibre 30 localizada na cauda do avião, que os artilheiros usavam para metralhar os alvos quando o bombardeiro passava por cima.
Dos 89 bombardeiros da primeira onda, 40 deles carregavam torpedos Tipo 91 Modelo 2. Os outros 49 bombardeiros carregavam várias bombas Tipo 91 Modelo 5 que pesavam 1.763 libras. A bomba Modelo 5 tinha a capacidade de perfurar vários conveses do navio-alvo quando lançada de uma grande altitude.
Cada um dos bombardeiros de mergulho Aichi D3A1 menores carregava uma única bomba terrestre Tipo 98 que pesava 551 libras. Essas bombas foram designadas especificamente para uso em ataques a pistas de pouso e bases aéreas ao redor de Pearl Harbor. Depois que os bombardeiros de mergulho lançaram suas bombas, eles se juntaram ao A6M Modelo 21 Zeros para metralhar os alvos terrestres com suas metralhadoras e canhões de 20 milímetros.