O portal de entrada mais comum para os patógenos é o trato respiratório. Os patógenos entram por meio de partículas de poeira ou gotículas que entram no trato respiratório. Alguns patógenos que entram por esse caminho são os vírus conhecidos como influenza, sarampo e varicela-zóster, que causam a varicela.
O adulto médio pode respirar aproximadamente 21 pés cúbicos de ar todos os dias, proporcionando muitas oportunidades de infecção. Os vírus infectam o trato respiratório ligando-se às células e multiplicando-se. Algumas das infecções mais comuns nesta área são o resfriado comum, bronquiolite e pneumonia.
Outros portais incluem a pele, o trato gastrointestinal e o trato geniturinário. Exemplos de infecções incluem caxumba, tétano, malária e AIDS.