A vantagem mais importante do software personalizado é que ele é feito sob medida para atender às necessidades específicas dos usuários. Uma empresa não precisa ajustar seus processos para tirar o máximo proveito do software. O software personalizado é mais escalonável do que os pacotes de software prontos. Isso também economiza dinheiro no custo de aquisição de hardware.
O software personalizado é projetado especialmente para acomodar as necessidades de um determinado negócio. Este tipo de software pode ajudar a proteger uma empresa contra ameaças externas. O software de prateleira comumente usado é vulnerável a hackers. O software customizado, por outro lado, pode ser um alvo improvável para hackers porque pode exigir muito mais esforço para entender como violar o sistema. O software customizado tem mais probabilidade de ser compatível com os sistemas existentes. É mais improvável que vários pacotes de software prontos se sintonizem perfeitamente bem e sem lapsos. Os usuários podem manter aplicativos personalizados pelo tempo que eles precisarem estar em uso. Com pacotes de software prontos, por outro lado, uma empresa está à mercê dos desenvolvedores ou fornecedores de software. No caso de os desenvolvedores de software fecharem as portas ou decidirem não manter o produto, o usuário é forçado a mudar para o software.
