A única secreção do esôfago é o muco, para lubrificação. O esôfago não secreta nenhum produto químico digestivo porque sua função é levar bolos de comida da faringe para o estômago.
O muco é produzido pelas glândulas mucosas localizadas na mucosa, o revestimento do esôfago. Esse forro é composto por epitélio escamoso estratificado, resistente ao trauma por alimentos abrasivos. Durante a deglutição, bolos de comida distendem o esôfago, fazendo com que o muco seja expelido das glândulas mucosas. As contrações peristálticas então impelem o alimento para o estômago. Em humanos, leva de quatro a cinco segundos para um bolo alimentar passar pelo esôfago.
