O botão esquerdo é o botão principal do mouse e é usado para realizar tarefas comuns, como selecionar comandos de menu, puxar menus para baixo e clicar duas vezes. Um clique duplo é executado quando o botão esquerdo do mouse é pressionado duas vezes em rápida sucessão, geralmente cerca de meio segundo. O clique duplo é usado principalmente para abrir atalhos de ícones na área de trabalho e em outras janelas.
Manter o botão esquerdo do mouse pressionado permite que os usuários movam itens pela tela ou realcem o texto. Arrastar e soltar é usado principalmente para mover pastas e arquivos para locais diferentes. A mesma ação também é aplicada ao redimensionar objetos.
O botão direito do mouse é usado principalmente para abrir menus contextuais. A roda de rolagem é um tipo de botão de mouse diferente que inclui uma pequena roda, que pode ser girada para fornecer uma entrada. É usado principalmente para rolar para cima e para baixo em documentos longos. Quando usado em conjunto com a tecla Ctrl, pode aumentar e diminuir o zoom.
Outros aplicativos, como videogames, podem usar os botões do mouse para outras funções, como disparar uma arma em um jogo de tiro em primeira pessoa. As configurações do mouse podem ser definidas para atender às necessidades e preferências pessoais. Por exemplo, usuários canhotos podem mudar o botão principal do mouse para o botão direito.