As bactérias ocupam seu próprio domínio de vida. O domínio Eubacteria é tremendamente diverso e abrange nada menos que 30 filos distintos, de acordo com o esquema de classificação LSPN. Devido à avidez com que as bactérias trocam genes através das barreiras das espécies por meio de transferências laterais de genes, as classificações firmes de acordo com a linhagem são difíceis de estabelecer com certeza.
Os taxonomistas dividem a vida em subordens principais, principalmente domínio, reino, filo e classe. As bactérias pertencem ao domínio Eubacteria, que é um dos três domínios da vida na Terra. De acordo com a Wikipedia, a antiga designação de bactéria, Prokaryota, pode ser usada apenas para distinguir bactérias e arqueanos das plantas, animais e fungos de Eukaryota e, portanto, tem valor limitado. Dentro das eubactérias, os organismos são agrupados em filos e classes, embora esses níveis de classificação tenham sido desenvolvidos para eucariotos e não possam levar em conta a frequência com que as bactérias negociam material genético.
As linhas tradicionais de filogenia começam a se decompor em níveis abaixo da classe, já que as "espécies" bacterianas raramente existem em isolamento genético, observa a Wikipedia. A classificação de nível inferior torna-se, portanto, em grande parte uma questão de opinião, já que a regra de similaridade da maioria para identificar uma espécie bacteriana, se aplicada a mamíferos, agruparia humanos, macacos e macacos como uma única "espécie".
