As cerejeiras têm um sistema radicular muito raso. Embora algumas árvores tenham sistemas de raízes muito profundos, a maioria tem raízes que crescem apenas de 30 a 40 centímetros de profundidade - e as raízes das cerejeiras geralmente não crescem tão profundamente.
As raízes de uma cerejeira têm duas funções principais. Raízes maiores ancoram a árvore ao solo e transportam nutrientes e água para o resto da árvore. As raízes alimentadoras menores retiram nutrientes e água do solo e depois os enviam para as raízes maiores. Como essas raízes maiores são mais rasas e verticais do que muitas outras árvores, elas podem causar danos ao concreto e ao paisagismo. É melhor plantar cerejeiras onde há bastante espaço por causa de suas raízes superficiais.