Numerosas espécies de fungos podem afetar árvores perenes, a maioria das quais requer seus próprios métodos exclusivos de tratamento e controle. Alguns dos problemas e doenças mais comuns causados por fungos perenes incluem podridão da raiz, ferrugem, cancro, doença fundida por agulha e ferrugem.
O cancro fúngico é um dos tipos mais comuns de doenças perenes, que são causadas por uma infecção interna de qualquer uma das várias espécies diferentes de fungos. Esses cancros são áreas de casca morta que geralmente são visíveis devido à resina branca e pegajosa que vaza deles. O fungo provoca a morte da casca, o que leva à morte da área circundante e à perda de suas agulhas, comumente conhecida como doença do molde de agulha. Esta doença afeta apenas árvores que estão estressadas por outros fatores ambientais e geralmente pode ser tratada com aeração e fertilização da área ao redor da árvore.
Se a árvore tiver um fungo do tipo ferrugem ou ferrugem, o único método de tratamento eficaz é borrifá-la com um fungicida aprovado. Se a árvore sofre de um fungo de podridão radicular, é provável que esteja relacionado à drenagem inadequada do solo. O fungicida pode ajudar nesse caso, mas primeiro é necessário resolver o problema do excesso de água para evitar que a infecção volte.