Os recursos naturais do Missouri incluem chumbo, zinco, minério de ferro, dolomita, barita, calcário, cobre, granito, mármore, arenito, solo para atividades agrícolas e vários lagos e rios. Missouri produz 90 por cento do chumbo não reciclado nos Estados Unidos, em agosto de 2014. Os produtos agrícolas incluem soja, milho, feno, gado, perus e galinhas.
O Missouri tem mais de 300 minas, responsáveis por US $ 8 bilhões em atividades econômicas, em agosto de 2014. As minas do Missouri empregam mais de 30.000 pessoas. Missouri é o principal estado produtor de chumbo, e 80% do chumbo extraído no Missouri vai para baterias de automóveis. O Missouri também é o produtor número um de cal nos Estados Unidos, a maior parte do qual vai para a produção de cimento. O estado Show-Me é o terceiro em zinco, o quinto em cobre e o sexto em mineração de prata de todos os 50 estados.
Os cursos de água do Missouri incluem rios como o Missouri, Mississippi, Platte, Osage, Meramec, Gasconade, St. Francis e Current. Os maiores lagos do estado, todos artificiais, incluem o Lago dos Ozarks, Table Rock, Stockton e Bull Shoals.
As principais espécies de peixes nos lagos e rios do estado incluem bagre, truta, baixo, tipo de peixe, walleye e perca. A menor espécie de peixe no Missouri é a menos escura, com 1,5 polegadas, e a maior é o enorme peixe-paddlefish, com mais de 45 quilos.
