Em um nível individual, os animais híbridos às vezes têm problemas reprodutivos, de saúde ou comportamentais devido à sua genética. Ecologicamente, os híbridos confundem as linhas das espécies e representam problemas para a conservação.
Um híbrido é a prole de pais de duas espécies ou subespécies distintas. Muitas espécies, devido a diferenças genéticas ou comportamentais, não cruzam ou não podem cruzar para produzir descendentes viáveis. No entanto, em alguns casos, duas espécies são geneticamente semelhantes o suficiente para criar uma prole híbrida. Alguns híbridos, como as mulas, são estéreis. As mulas resultam de um cruzamento entre uma égua e um burro. Embora a própria mula possa atingir a idade adulta saudável, normalmente é incapaz de produzir seus próprios gametas e não se reproduz.
Um ligre é um híbrido entre uma tigresa e um leão, e geralmente é maior do que qualquer um dos pais. Ligres são propensos a problemas de saúde e defeitos de nascença, e muitos não sobrevivem até a idade adulta. Também é difícil para o tigre dar à luz seus filhotes híbridos; seu tamanho grande pode exigir uma cesariana para a mãe.
Animais híbridos também podem apresentar comportamento imprevisível. Um exemplo famoso é o híbrido de lobo, que é um cruzamento entre um cão doméstico e um lobo. Poucos artigos revisados por pares foram escritos sobre o tema do comportamento híbrido de lobo, e os animais são cercados por uma grande quantidade de controvérsia. Alguns proprietários afirmam que seus híbridos são animais gentis e tímidos, enquanto outras anedotas apontam para os híbridos de lobo serem imprevisíveis e perigosamente agressivos. Alguns dos problemas surgem do fato de que os cães foram domesticados por 15.000 a 30.000 anos e, nessa época, foram seletivamente criados para padrões de comportamento específicos que são benéficos para os donos. A genética conflitante de um cruzamento de cachorro-lobo leva à imprevisibilidade. Os híbridos de lobo também tendem a ver seus donos como sua matilha, e deve-se tomar cuidado por parte do proprietário para se afirmar como o membro dominante da matilha.
Um problema de hibridização em maior escala vem de híbridos selvagens. Algumas espécies de aves aquáticas selvagens, por exemplo, podem cruzar facilmente com suas contrapartes domésticas. Isso pode turvar as águas genéticas de uma espécie, em alguns casos a ponto de uma espécie estar em perigo de extinção por hibridização. Este problema não se limita, de forma alguma, às aves aquáticas. O gato selvagem escocês está em perigo de extinção devido à hibridização com gatos domésticos selvagens.
