Alguns problemas com a caça às baleias incluem a potencial extinção de algumas espécies, a falta de uma forma humana de caçar baleias no mar e uma queda na demanda por carne e produtos de baleia. Em 1986, o International A Whaling Commission proibiu a caça comercial de baleias, mas Japão, Islândia e Noruega continuam a caça às baleias por causa de lacunas na proibição.
A proibição foi implementada depois que ficou claro que a caça às baleias estava colocando em risco as populações de baleias. Prática insustentável devido à longa vida e reprodução lenta dos animais, a caça às baleias reduziu o número de muitas espécies a uma fração de seus níveis anteriores.
Também é impossível matar uma baleia humanamente no mar. As baleias são alvos móveis que são alvejados por navios que se deslocam ao longo da superfície frequentemente turbulenta do oceano. Além disso, os métodos usados para matar baleias, como arpões de granada, podem levar a uma morte lenta e dolorosa para o animal.
Outro problema é que a demanda por produtos e carne de baleia está caindo. Em muitos lugares, a demanda por carne não é alta o suficiente para consumir o que é caçado. Por causa disso, a carne de baleia fica em grandes estoques congelados. Os subsídios do governo ajudam os baleeiros a permanecer no mercado em situações em que não há demanda suficiente para seus produtos.