Os principais rios que fluem na Alemanha são o Reno, o Danúbio e o Elba. A maioria das cidades alemãs foi construída nas margens desses rios. Outros rios notáveis incluem Weser, Spree, Oder, Moselle, Main, Lech, Lahn, Isr, Havel e Ems.
O Reno é o maior rio da Alemanha e o 12º mais longo da Europa. Começa no sudeste dos Alpes suíços e faz parte da fronteira franco-alemã antes de fluir pela Alemanha e finalmente desaguar no Mar do Norte através da Holanda. Tem cerca de 1320 milhas de comprimento e vários ramos e afluentes ao longo de seu caminho.
O Danúbio nasce da Floresta Negra na cidade de Donaueschingen. Em seguida, flui para sudeste, passando por quatro capitais na Europa Central antes de desaguar no Mar Negro através do Delta do Danúbio na Ucrânia e na Romênia. O rio Danúbio toca ou atravessa as fronteiras de 10 países: Hungria, Sérvia, Áustria, Alemanha, Bulgária, Eslováquia, Romênia, Croácia, Moldávia e Ucrânia. Sua bacia de drenagem se estende por mais nove países.
O Elba nasce na cordilheira Krkonose, no norte da República Tcheca, antes de viajar pela Boêmia, depois pela Alemanha e desembocar no Mar do Norte. Seus principais afluentes incluem os rios Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale e Vltava. A bacia do rio Elba é a quarta maior da Europa e é habitada por cerca de 24,5 milhões de pessoas.