Os rios dominantes na Alemanha são o Oder, o Danúbio, o Reno, o Weser e o Elba. Todos esses cursos d'água deságuam no Báltico, no Mar Negro ou no Mar do Norte.
O Oder deságua no Mar Báltico. Originário da República Tcheca, ele continua a formar 116 milhas da fronteira da Alemanha com a Polônia. Historicamente, o Oder foi uma rota comercial importante na região.
Desaguando no Mar Negro está o Danúbio, o segundo maior rio da Europa. O Danúbio começa na Floresta Negra da Alemanha e flui pelos estados de Baden-Wurttemberg e Baviera. Enquanto estiver na Baviera, o Danúbio passa pela cidade mais antiga de sua rota: Regensburg. Regensburg foi fundada formalmente em 179 d.C. por Marco Aurélio, mas um forte romano no local data de 90 d.C.
Os rios Reno, Weser e Elba desaguam no Mar do Norte. O rio Weser é o único dos três que fica inteiramente dentro da nação alemã. O Reno, ou Rhein na língua alemã, é uma das regiões vinícolas mais importantes da Alemanha. O Vale do Reno é uma importante região de cultivo de grande parte do vinho Riesling da Alemanha. Uma das cidades mais famosas ao longo da porção alemã do Elba é Dresden, local de um polêmico bombardeio das forças aliadas durante a Segunda Guerra Mundial.
