As principais massas de água na Alemanha são os rios Danúbio, Reno, Elba e Weser. A Alemanha tem alguns pequenos lagos, mas a maioria deles são glaciais e estão localizados nas montanhas. O maior lago, Bodensee, fica na fronteira da Alemanha com a Suíça e a Áustria.
Os maiores rios da Alemanha são o Danúbio e o Reno. O Reno tem 820 milhas de comprimento. Começa nos Alpes suíços e vai para o norte até o Mar do Norte. Muitos rios e afluentes menores constituem o sistema do Reno. Entre eles estão os rios Lippe, Ruhr, Mosel, Neckar e Main. O Reno é especialmente crítico para a Alemanha porque pode ser navegado de barco em toda a extensão, o que o torna uma importante rota de transporte de mercadorias.
O Danúbio, um dos maiores rios da Europa, está localizado no sul da Alemanha. Ele começa na famosa Floresta Negra da Alemanha e flui para o leste até o Mar Negro. O sistema Elba é o segundo maior rio da Alemanha. Os rios Oder e Neisse, embora não sejam os principais rios da Alemanha, formam a fronteira entre ele e a Polônia.
Além dos rios e do lago ocasional, as nascentes de água mineral são uma característica importante na Alemanha. Essas fontes possuem águas quentes e frias e são a base de vários spas famosos.
