Existem três maneiras de diferenciar entre canários machos e fêmeas: inspeção genital, aparência da cor e canto precoce. O criador Sebastian Vallelunga considera que inspecionar um canário sexualmente maduro é um método virtualmente infalível, pois o macho tem um pseudo-pênis que se projeta de sua cloaca, enquanto a fêmea tem uma cúpula redonda projetando-se acima da cloaca. As fêmeas prontas para procriar têm uma barriga uniforme em formato de torpedo que se estreita em uma das pontas.
A indicação mais óbvia e confiável de gênero é se o canário bota um ovo ou não. Alguns criadores preferem separar os sexos precocemente para promover um melhor desenvolvimento do canto dos machos, antes mesmo dos filhotes emplumarem. Examinar a música antiga e analisar com base na cor são ferramentas úteis.
A canção inicial do canário, conhecida como sub-canção, é um trinado sonhador durante o qual a garganta do macho infla, refletindo o comportamento adulto posterior. Durante a próxima fase de aprendizagem da canção, a canção plástica, o homem começa a integrar passagens e frases adultas em sua canção, tornando-a um indicador de gênero mais confiável.
A aparência da cor é um método menos consistente com variações entre espécies que se aplicam melhor a canários intimamente relacionados ou pertencentes à mesma linhagem. De modo geral, Vallelunga acredita que o canário mais pálido é uma fêmea.
