Embora os pen drives possam ser uma maneira fácil de transferir arquivos entre computadores, eles também podem ser um vetor de infecções por malware. Qualquer computador com a reprodução automática ativada pode executar automaticamente os arquivos infectados em um pen drive , desencadeando uma infecção. Os pen drives também têm uma vida útil relativamente curta em comparação com outras formas de mídia, pois cada célula da memória flash só pode aceitar um determinado número de regravações.
Os pen drives também podem ser limitados pelo hardware do PC. A velocidade na qual os arquivos podem ser lidos ou gravados depende da versão do USB instalado em qualquer PC. O USB 2.0 pode transferir cerca de 60 megabytes por segundo, o que pode tornar a transferência de arquivos grandes uma tarefa tediosa. O USB 3.0, por outro lado, pode atingir velocidades de até 640 megabytes por segundo. No entanto, poucos pen drives são capazes de atingir esse limite de velocidade máxima, forçando os usuários a prestar muita atenção às especificações para obter o pen drive mais rápido possível.
Os pen drives também estão sujeitos a falhas de hardware. O interior de um pen drive geralmente é simplesmente uma placa de circuito soldada ao plugue USB e, como esses dispositivos ficam na lateral ou frontal do computador, eles tendem a sofrer choques ou golpes com muita facilidade. O ponto de junção é o ponto mais fraco e um ponto de falha, tornando mais fácil quebrar a conexão USB e inutilizar a unidade.
