Uma desvantagem de usar o Desenvolvimento Conjunto de Aplicativos é que as partes interessadas podem enfrentar os desafios errados do desenvolvimento de aplicativos porque compareceram à reunião despreparados. Da mesma forma, a seleção de pessoas para participar dos fóruns pode alterar ou enviesar os resultados. Se isso acontecer, todo o processo de desenvolvimento de aplicativos pode ser comprometido. Outra desvantagem é que pode haver recursos insuficientes para a solução de problemas.
Joint Application Development (JAD) é uma abordagem para desenvolver sistemas incorporando a experiência do usuário final no processo. Os defensores da ideia argumentam que a comunicação deficiente entre desenvolvedores de sistemas profissionais e usuários do sistema é responsável por metade de todos os erros do sistema. Apesar das desvantagens acima, o JAD ajudou os profissionais de TI a desenvolver sistemas e aplicativos mais eficientes. Notavelmente, a maior vantagem é que os participantes são provenientes de diferentes departamentos de uma organização. O fato de virem de diversos níveis de conhecimento significa que trazem necessidades divergentes a serem atendidas. Mesmo com as desvantagens, essa abordagem foi considerada um excelente método de solução de problemas. Emprega ferramentas de pesquisa e comunicação como entrevistas, grupos focais e questionários. Embora as entrevistas sejam longas e caras, é impossível capturar pistas não-verbais dos entrevistados usando questionários.
