As desvantagens da técnica da gota suspensa incluem a possibilidade de ignorar algumas células móveis entre inúmeras células não móveis, e o processo de observação pode ser demorado. A técnica da gota suspensa é um método usado para examinar microrganismos vivos.
Existem outras desvantagens de usar o método da gota suspensa. Não é um método seguro para usar quando se está lidando com organismos extremamente patogênicos, pois os humanos podem facilmente pegar uma infecção. Configurar o aparelho necessário para a técnica de queda suspensa leva tempo e as lâminas de cavidade usadas são caras. As lamínulas, que são uma parte do aparelho, são bastante frágeis e manuseá-las pode representar um desafio.
Outro método usado para observar organismos minúsculos é a técnica de montagem úmida. A diferença entre os dois é que a técnica de montagem úmida seca mais rapidamente do que o método de gota suspensa. Uma vez que o método da gota suspensa não seca tão rapidamente, ele permite um exame mais longo do microrganismo e uma observação mais confiável. Um terceiro método de teste de motilidade do organismo é o teste de motilidade semissólida.
A técnica da gota suspensa também é usada no processo de cristalização de proteínas, que é a formação de um cristal de proteína.