O aplicativo Flow Free inclui recursos como mais de 1.500 disponíveis gratuitamente no modo Free Play, 10 variantes de tamanho de tabuleiro e pacotes contendo níveis adicionais que os usuários podem comprar. O aplicativo também oferece pacotes de níveis gratuitos das séries Classic, Mania e Extreme. Outros recursos incluem a seção Game Center que rastreia as conquistas conforme os jogadores completam os níveis e um modo de contra-relógio no qual os jogadores tentam resolver os níveis o mais rápido possível.
O aplicativo inclui 20 variantes de contra-relógio com diferentes tamanhos de placa e duração prevista. A interface do usuário é colorida e possui vários efeitos sonoros. O Flow Free usa gráficos vetoriais para representar as formas de cores diferentes e inclui uma opção para rotular as formas para jogadores daltônicos. A versão mais recente do aplicativo em 2016 adicionou o recurso Daily Puzzles, permitindo aos usuários jogar novos conjuntos de níveis e ganhar novas conquistas todos os dias. Esta atualização também adicionou suporte para diferentes idiomas, incluindo espanhol, francês, japonês e russo, entre outros.
O aplicativo detecta automaticamente o idioma apropriado com base nas configurações do sistema e permite que os usuários o alterem rapidamente no menu de configurações do jogo. O Flow Free usa estrelas para indicar quando um jogador completa um nível sem cometer erros. Os níveis marcados com uma marca de seleção contam como completos, mas isso significa que o jogador quebrou vários caminhos ao completá-lo. Além dos pacotes de níveis, o aplicativo também inclui dicas de que os jogadores podem comprar em pacotes de cinco e 20.