A criação seletiva apresenta vários riscos para os cães, incluindo o aumento do risco de desenvolver problemas cardíacos, doenças renais, prostração pelo calor, incapacidade de resfriar o corpo, problemas de audição e visão e distúrbios do sangue. A reprodução seletiva também pode criar problemas emocionais ou neurológicos. Algumas raças, como Bull Terriers, tendem a perseguir suas caudas incessantemente, enquanto Scottish Terriers podem perder o controle muscular quando estão excitados.
A criação seletiva apresenta riscos para cães pequenos e grandes. Cães menores são propensos a hipertensão e anormalidades esqueléticas, como rótulas desalinhadas, o que causa deslocamento da rótula. Cães de raças maiores podem desenvolver tumores malignos em seus ossos, pois seu peso anormalmente alto coloca uma pressão excessiva em seus sistemas esqueléticos, e eles são propensos a problemas ortopédicos.
Os problemas também surgem entre cães com certas características acentuadas, como faces planas ou pele enrugada. Cães com rostos achatados, como pugs e pequinês, podem ter passagens nasais curtas e estreitas, o que interfere na respiração adequada. Bloodhounds podem desenvolver problemas nos olhos devido à pele enrugada ao redor dos olhos, enquanto o Shar-Pei chinês e outras raças desenvolvem irritação na pele e infecções por rugas. Buldogues fêmeas com quadris anormalmente estreitos costumam ter filhos jovens por meio de cesarianas.
Algumas raças, como os cães de água portugueses, Standard Poodles e Basset Hounds, têm um sistema imunológico fraco. Certos cânceres surgem em cães com reprodução seletiva, assim como problemas de órgãos e outras doenças.
