O povo Seneca tem várias crenças e práticas religiosas tradicionais. Existe uma crença em um "Detentor da Terra" e outros elementos e forças naturais. Historicamente, as pessoas realizavam festivais para homenagear os morangos e a seiva do bordo. Eles também realizaram uma celebração no inverno para agradecer e praticar o perdão. As pessoas acreditavam que a doença era o resultado de influências espirituais, e os xamãs usavam até 200 ervas para tratar e curar pessoas doentes.
Nos tempos contemporâneos, muitos sênecas seguem a religião longhouse, o catolicismo e outras denominações cristãs. The Longhouse Religion começou como um movimento religioso chamado "The Code of Handsome Lake". Belo Lago é o nome de um profeta Sêneca que iniciou a religião em 1799. A religião combina algumas crenças iroquesas tradicionais com elementos do quakerismo e do cristianismo.
Pregadores na religião recitam a revelação de Handsome Lake duas vezes por ano. A recitação completa leva três manhãs. Isso ocorre antes do nascer do sol. O pregador fica em frente à lareira e canta uma canção do sol para o bom tempo. Durante a recitação, os fiéis se sentam em bancos e as mulheres cobrem a cabeça com xales.
A atmosfera lembra uma reunião de avivamento cristão. A atmosfera emocional se torna contagiosa e leva as pessoas a declarar publicamente lealdade à religião.
