Algumas vantagens da hidroponia incluem o uso mínimo de água e fertilizantes, requisitos de manutenção reduzidos, alto rendimento da colheita, eficiência de espaço e a capacidade de cultivar plantas em condições adversas e durante todo o ano. A desvantagem da hidroponia é o alto custo de instalação e operação do sistema.
Um sistema hidropônico reduz o uso de água, pois a água é fornecida diretamente às raízes das plantas. O sistema também permite a reciclagem da água de irrigação. Como a água é fornecida às raízes das plantas, ela minimiza a perda de fertilizante pelo escoamento, reduzindo assim a quantidade de fertilizante necessária.
Outra vantagem é o fato de o sistema não exigir a remoção regular de ervas daninhas. Como os níveis de iluminação, nutrientes e pH são controlados em um sistema hidropônico, o agricultor tem melhor controle sobre o processo de crescimento e pode proteger mais facilmente as plantas de poluentes e pragas. Como resultado, o rendimento da safra de um sistema hidropônico é alto. Além disso, as plantas tendem a crescer mais rápido em condições favoráveis, o que aumenta o número de ciclos de crescimento dentro de um período de tempo específico.
Uma vez que o sistema hidropônico não depende de condições ambientais externas como qualidade do solo, disponibilidade de luz solar e mudança das estações, as plantas podem ser cultivadas mesmo em desertos, em regiões com solo de baixa qualidade e durante todo o ano. Além disso, as plantas cultivadas por meio da hidroponia têm raízes menores, o que permite que sejam cultivadas mais próximas umas das outras.
No entanto, o custo de instalação de um sistema hidropônico é maior do que o necessário para iniciar um jardim baseado no solo. Como o sistema exige mais mão de obra, seus custos operacionais também são altos. As configurações em grande escala são mais econômicas do que as menores.