Um dos efeitos mais significativos do imperialismo espanhol na América Latina foi a devastação dos povos indígenas. A conquista espanhola da América do Sul e Central reduziu a população local de cerca de 50 milhões de pessoas para cerca de 8 milhões.
Embora muitos indígenas tenham sido mortos enquanto resistiam às invasões espanholas, a maioria das mortes ocorreu devido à propagação de doenças europeias. Os nativos americanos nunca foram expostos a essas doenças e não tinham imunidade natural a elas, fazendo com que doenças comuns, como sarampo e coqueluche, tivessem consequências fatais. Muitos dos que sobreviveram às doenças foram forçados à escravidão pelos espanhóis, levando a mais mortes devido à desnutrição e ao excesso de trabalho.
O imperialismo espanhol na América Latina também enriqueceu a Espanha e ajudou a financiar suas guerras contra outras potências europeias. Os colonos espanhóis procuraram metais preciosos e pedras preciosas, usando trabalho escravo para extrair grandes quantidades de prata e outros materiais valiosos.
O envolvimento da Espanha na América Latina também ajudou a alimentar o comércio transatlântico de escravos. Os colonos espanhóis acreditavam que os indígenas não eram adequados para trabalhar nas minas, por isso importaram escravos africanos para trabalhar. A Espanha não foi a única potência europeia a usar escravos africanos em suas colônias americanas, mas foi um grande comprador. Isso contribuiu para a devastação e desestabilização de longo prazo na África. Também levou a mudanças na demografia e na cultura da América Latina, à medida que escravos africanos se misturavam com populações indígenas.