Os hipopótamos estão em perigo principalmente porque os caçadores furtivos os caçam por sua carne e pelo marfim em seus dentes. Outras ameaças são a perda de habitat devido à invasão de assentamentos humanos e o desvio da água do rio para a agricultura.
A carne de hipopótamo é vendida no mercado negro como uma iguaria. O comércio de marfim de hipopótamo aumentou drasticamente após a proibição internacional do comércio de marfim de elefante em 1989. Embora a maioria das populações de hipopótamos habite áreas protegidas, como parques nacionais, áreas de conservação, reservas de caça e santuários, os caçadores caçam hipopótamos em áreas onde há uso civil a agitação ou a aplicação da lei são mínimas. Por exemplo, na década de 1970, a Sociedade Zoológica de Frankfurt estimou a população de hipopótamos no Parque Nacional de Virunga, na República Democrática do Congo, em cerca de 30.000. Durante a Segunda Guerra do Congo, que durou de 1998 a 2003, soldados congoleses, rebeldes Mai-Mai e outros grupos de milícias massacraram hipopótamos indiscriminadamente, de modo que em 2006 havia apenas cerca de 600 restantes no parque.
O aumento dos assentamentos humanos e do desenvolvimento perto de áreas de água doce habitadas por hipopótamos resulta em confrontos entre hipopótamos e humanos, pois os hipopótamos são, por natureza, animais extremamente agressivos. Os humanos então retaliam abatendo as populações de hipopótamos. Quando os níveis dos rios e pântanos caem devido à irrigação das fazendas, isso afeta negativamente os habitats dos hipopótamos. O problema é agravado em épocas de seca.
