Os federalistas se opuseram à guerra de 1812 porque as políticas do partido oposto que declarou a guerra, liderado por Thomas Jefferson e mais tarde por James Madison, trouxeram a fortaleza federalista da Nova Inglaterra à beira da miséria. O embargo de Thomas Jefferson ao transporte marítimo americano, em vez de proteger os navios e marinheiros dos EUA, causou desemprego massivo, o fechamento de bancos e criou uma paralisação virtual no comércio.
Os republicanos democratas de James Madison declararam guerra à Inglaterra não apenas para aliviar o problema do transporte marítimo, mas para dar aos estados e territórios ocidentais a oportunidade de confiscar terras do Canadá. Mesmo depois que a declaração de guerra foi aprovada pelo Congresso por uma margem estreita, os estados federalistas continuaram se opondo a ela, recusando-se a permitir que milícias estaduais participassem do esforço de guerra. Eles acusaram Madison de corrupção e de querer formar uma aliança com Napoleão Bonaparte. Os republicanos democratas, por outro lado, acusaram os federalistas de querer dividir a nação e se realinhar com a Inglaterra. Alguns governadores da Nova Inglaterra condenaram abertamente o esforço de guerra.
Em dezembro de 1814, delegados de vários estados da Nova Inglaterra reuniram-se na Convenção de Hartford para discutir soluções para o dilema divisivo. No entanto, quando os representantes da convenção chegaram a Washington D.C. com uma lista de emendas constitucionais propostas, um tratado de paz foi assinado com a Grã-Bretanha e a guerra acabou. Depois disso, o Partido Federalista declinou e acabou desaparecendo.
