Embora a partir de 2014 as baleias jubarte não sejam mais listadas como Ameaçadas pela União Internacional para a Conservação da Natureza, as principais ameaças às suas populações incluem emaranhamento de equipamentos de pesca, colisões de navios, impactos em seus habitats de poluição e assédio por observadores de baleias. As ameaças futuras incluem a proposta de retomada da caça comercial de baleias e do desenvolvimento offshore de instalações de mineração de petróleo e gás.
A caça comercial extensiva de baleias jubarte, que começou no século 18 e continuou até o século 20, esgotou gravemente as populações globais de baleias jubarte, especialmente após a introdução do arpão explosivo no final do século 19. Somente no século 20, os baleeiros mataram mais de 200.000 jubartes, até que a população caiu para aproximadamente 700 baleias. A Comissão Baleeira Internacional foi fundada em 1946 para proteger as populações de baleias em todo o mundo e, em 1966, proibiu a caça de baleias jubarte. Em 1986, as baleias jubarte foram declaradas Ameaçadas de Extinção pela IUCN. Em 1990, seu status foi alterado para Vulnerável. Por causa de sua resiliência em se restabelecer com uma população mundial de pelo menos 80.000, a IUCN reclassificou as baleias jubarte na categoria de menor preocupação a partir de 2008.
Em 2014, a caça comercial de baleias jubarte ainda estava proibida, exceto por pequenos grupos nativos em áreas como a Groenlândia, São Vicente e Granadinas. Mortes de baleias jubarte por emaranhamento em equipamentos de pesca são relatadas anualmente por pescadores norte-americanos e japoneses. Ataques de navios, embora menos frequentes, ocorrem. Os conservacionistas estão preocupados com o desenvolvimento de petróleo e gás offshore que afeta as populações de baleias em lugares como Brasil, Angola, Moçambique, Madagascar e Gabão.
