Chihuahuas, assim como a maioria das outras raças de cães, perdem cabelo durante todo o ano e podem perder mais na primavera ou no outono. Devido ao seu tamanho pequeno, a queda pode não ser tão aparente quanto a de raças de cães maiores.
Os chihuahuas podem ter tipos de pelagem de camada única ou camada dupla. Um chihuahua de uma única camada pode verter menos. Cresce cabelo comprido e ondulado que, ao contrário de outras raças de pêlo comprido, requer o mínimo de aparamento e cuidado. Aqueles com subpêlos lisos e curtos caem fortemente na primavera e no outono. O cabelo liso que fica diretamente sobre a pele faz com que pareçam não ter pelos, especialmente se o chihuahua tiver uma pelagem marrom.
