John Hagee se divorciou de sua primeira esposa, Martha Downing, em 1975. John e Martha se casaram em 1960, e o casal teve dois filhos, Christopher e Tish.
John Hagee foi o fundador e pastor sênior da Trinity Church. A notícia de seu divórcio iminente surpreendeu sua congregação. Martha ganhou a custódia de seus dois filhos no divórcio. Em 1975, após seu divórcio, Hagee formou uma nova igreja, The Cornerstone Church. Depois de fundar a nova igreja, Hagee se casou com Diana Castro e juntos tiveram três filhos: Christina, Mathew e Sandy. Hagee teve 13 netos.
Alguns afirmam que Hagee teve um caso extraconjugal com Diana Castro, que havia sido membro de sua antiga congregação eclesiástica. Hagee supostamente escreveu uma carta para sua igreja admitindo sua imoralidade.
